Delfini veljajo za bioindikatorje. Z znanstvenim raziskovanjem populacije delfinov lahko spremljamo stanje celotnega morskega okolja, z učinkovitim varstvom delfinov pa lahko tudi bolje varujemo morske ekosisteme, od katerih smo odvisni tudi ljudje.

Obstoj delfinov tako pri nas kot drugod po svetu ogrožajo mnogi človeški vplivi, kot so kemično in mehansko onesnaženje morja, pomorski promet, podvodni hrup in ribištvo. Eno izmed ključnih poslanstev društva je prepoznavanje negativnih dejavnikov, ki vplivajo na populacijo delfinov, in predlaganje ukrepov za njihovo dolgoročno varstvo. Ukrepi za varstvo morskih sesalcev v Sloveniji se izvajajo predvsem v obliki zakonodaje ter izobraževanja in ozaveščanja javnosti. Njihovo uresničevanje je za zdaj pomanjkljivo, saj se drugi ukrepi ne izvajajo.

Problem onesnaženosti morij in oceanov je globalni okoljski in družbeni problem, katerega reševanje zahteva multidisciplinarni pristop, usmerjen v spodbujanje trajnostnega in odgovornega upravljanja naravnih virov. Ustrezni ukrepi morajo potekati tako na preventivni ravni kot tudi na ravni odpravljanja posledic onesnaženosti. Društvo Morigenos na področju odgovornega ravnanja z morskim ekosistemom sodeluje z različnimi nevladnimi organizacijami, strokovnimi institucijami ter predstavniki lokalnih in državnih oblasti, poleg tega pa je v teh prizadevanjih aktivno tudi v mednarodnih projektih in partnerstvih.