Added value of systems biology

author: Anže Županič, Eawag
published: Dec. 9, 2017,   recorded: November 2017,   views: 621
Categories

Slides

Related content

Report a problem or upload files

If you have found a problem with this lecture or would like to send us extra material, articles, exercises, etc., please use our ticket system to describe your request and upload the data.
Enter your e-mail into the 'Cc' field, and we will keep you updated with your request's status.
Lecture popularity: You need to login to cast your vote.
  Delicious Bibliography

Description

Zelene alge so eden izmed ključnih komponent večine vodnih in mnogih kopenskih ekosistemov. Čeprav je kot njihova glavna vloga v ekosistemih poznana predvsem primarna produkcija, igrajo pomembno vlogo tudi v biogeokemiji mikrohranil in so med najbolj občutljivimi bioindikatorji vodnega onesnaženja; v obeh primerih odgovorni molekularni mehanizmi niso dobro poznani. V seminarju bom predstavil dve študiji, v katerih smo z uporabo sistemsko-biološkega pristopa našli nove molekularne mehanizme. V prvi smo izmerili dinamiko speciacije mikrohranila selena in preizkusili njeno ujemanje z družino matematičnih modelov speciacije. Čeprav je bilo mogoče do nekaterih zaključkov priti zgolj z interpretacijo eksperimentalnih rezultatov, je uporaba matematičnega modela na več ravneh ključno doprinesla k študiji: omogočila je ločevanje med dvema konkurenčnima intrepretacijama (neposredno ali preko načrtovanja dodatnih eksperimentov), oceno parametrov posameznih kemičnih reakcij in ekstrapolacijo rezultatov na različne okoljske pogoje. V drugi študiji smo na podlagi javno dostopnih podatkov o genski ekspresiji izgradili ko-ekspresijsko mrežo, ki smo jo uporabili za napovedovanje funkcij genov odgovornih za občutljivost ali toleranco alge na srebrove ione. Nekatere napovedi smo potrdili z uporabo linij alg z ustreznimi mutacijami. S študijo smo pokazali, da je v nekaterih primerih mogoče napovedati funkcijo genov na osnovi obstoječega znanja in javno dostopnih podatkov, četudi so bili ti pridobljeni za odgovarjanje na povsem druga znanstvena vprašanja.

See Also:

Download slides icon Download slides: nib_zupanic_systems_biology_01.pdf (5.1 MB)


Help icon Streaming Video Help

Link this page

Would you like to put a link to this lecture on your homepage?
Go ahead! Copy the HTML snippet !

Write your own review or comment:

make sure you have javascript enabled or clear this field: