Added value of systems biology
Slides
Related content
Report a problem or upload files
If you have found a problem with this lecture or would like to send us extra material, articles, exercises, etc., please use our ticket system to describe your request and upload the data.Enter your e-mail into the 'Cc' field, and we will keep you updated with your request's status.
Description
Zelene alge so eden izmed ključnih komponent večine vodnih in mnogih kopenskih ekosistemov. Čeprav je kot njihova glavna vloga v ekosistemih poznana predvsem primarna produkcija, igrajo pomembno vlogo tudi v biogeokemiji mikrohranil in so med najbolj občutljivimi bioindikatorji vodnega onesnaženja; v obeh primerih odgovorni molekularni mehanizmi niso dobro poznani. V seminarju bom predstavil dve študiji, v katerih smo z uporabo sistemsko-biološkega pristopa našli nove molekularne mehanizme. V prvi smo izmerili dinamiko speciacije mikrohranila selena in preizkusili njeno ujemanje z družino matematičnih modelov speciacije. Čeprav je bilo mogoče do nekaterih zaključkov priti zgolj z interpretacijo eksperimentalnih rezultatov, je uporaba matematičnega modela na več ravneh ključno doprinesla k študiji: omogočila je ločevanje med dvema konkurenčnima intrepretacijama (neposredno ali preko načrtovanja dodatnih eksperimentov), oceno parametrov posameznih kemičnih reakcij in ekstrapolacijo rezultatov na različne okoljske pogoje. V drugi študiji smo na podlagi javno dostopnih podatkov o genski ekspresiji izgradili ko-ekspresijsko mrežo, ki smo jo uporabili za napovedovanje funkcij genov odgovornih za občutljivost ali toleranco alge na srebrove ione. Nekatere napovedi smo potrdili z uporabo linij alg z ustreznimi mutacijami. S študijo smo pokazali, da je v nekaterih primerih mogoče napovedati funkcijo genov na osnovi obstoječega znanja in javno dostopnih podatkov, četudi so bili ti pridobljeni za odgovarjanje na povsem druga znanstvena vprašanja.
Link this page
Would you like to put a link to this lecture on your homepage?Go ahead! Copy the HTML snippet !
Write your own review or comment: