Raziskovalni program Geografija Slovenije je nadaljevanje združenih raziskovalnih programov Regionalna geografija Slovenije in Socialna geografija Slovenije. Obsega temeljna analitska in sintetska preučevanja Slovenije, njenih pokrajinskih sestavin in regionalnih enot, geografske primerjalne študije, razvijanje geografske terminologije vključno z zemljepisnimi imeni, prav tako pa razvijanje geografskih metod in tehnik ter geografskega informacijskega sistema in z njim povezane tematske kartografije. Geografija je pomembna za mnoge prostorske in druge znanstvene vede, saj s svojim védenjem o pokrajinah ter njihovih značilnostih in zakonitostih daje temeljna znanja za raziskovanja na nekaterih vsebinskih področjih ter za strokovne oziroma politične, predvsem razvojne odločitve. Pomembna je tudi za izobraževanje, saj je zanimiv predmet v osnovnih in srednjih šolah, pa tudi za splošno izobrazbeno raven državljanov, saj je z njeno pomočjo lažje razumejo regionalne, politične, ekonomske, socialne, verske, kulturne in druge probleme v Sloveniji in Svetu. V slovenski geografiji prevladuje kompleksnost, katere najidealnejša implementacija naj bi bila prav (regionalna) geografija Slovenije. V svetu, predvsem v angleški, nemški in francoski geografski literaturi, se v zadnjih letih povečuje zanimanje za "United Geography". Številne razprave so povezane s pojmom "new regional geography" in/ali "ecole de la regulation". Sodobna geografija preučuje naravne in družbene pokrajinske strukture, procese in načine obnašanja družbenih skupin v pokrajini. Poleg kompleksnosti in medsebojne povezanosti geografskih pojavov in procesov upošteva tudi pokrajinske učinke fizičnega okolja, gospodarski napredek, tehnološke inovacije, ekonomske integracije, globalizacijo in kulturno identiteto.

Raziskovalni program je temeljnega in nacionalnega pomena, saj je edina znanstvena disciplina, ki na kompleksen, geografski način preučuje Slovenijo in njene regionalne enote ter povezanost pokrajinskih sestavin, ki sestavljajo slovenske pokrajine (kamnine, površje, vode, podnebje, prsti, rastje, živalstvo, prebivalstvo, naselja, gospodarstvo itd.). Prav različnost slovenskih pokrajin je ena največjih bogastev naše države.

Raziskovalni program Geografija Slovenije je multidisciplinaren, saj v novo sintetično zasnovano znanstveno celoto povezuje izsledke sorodnih ved, pomemben pa je tudi za izobraževanje, saj olajša razumevanje regionalnih, političnih, ekonomskih, kulturnih in druge zakonitostidoma in po svetu. Izhodišče raziskovalnega programa je predvsem sistematično, na podlagi standardiziranih evalvacijskih postopkov ovrednotenje in oblikovanje sonaravnega gospodarjenja s prostorom z enakovrednim upoštevanjem naravnih in družbenih sestavin pokrajine. Eden od ciljev je priprava teoretskih in praktičnih modelov skladnega regionalnega razvoja ter smotrne rabe površin, ki bo temeljila na sodobnih spoznanjih o omejenosti naravnih virov ter človeških in gospodarskih potencialov. Program bo na teoretični in modelni ravni pokazal na nasprotujoče si razvojne koncepte globalizacije in regionalizacije, ki so povezani z uravnoteženo konkurenčnostjo, ekonomsko in socialno povezanostjo ter varovanjem naravnih virov. Program se ukvarja s preučevanjem naravnih in družebnih sestavin Slovenije in njenih pokrajin, vendar s posebnim poudarkom na njihovi povezanosti in pomembnosti za oblikovanje in razvoj slovenskih pokrajin. Zato so v ospredju tudi raziskave tistih geografskih pojavov, pri katerih so povezani naravni in družebni dejavniki, na primer pri naravnih nesrečah, rabi tal, okoljski problematiki, kulturnih pokrajinah, sonaravnem razvoju, in raziskave sodobnih družbenih problemov, na primer pri kmetijstvu, prebivalstvu, socialni blaginji, urbanizaciji, nacionalni identiteti.