Glavna teža programa je usmerjena v bazične raziskave, se pravi, v pridobivanje novih znanj o razvoju človeka in družbe v najstarejših obdobjih naše zgodovine. Ker je program večplasten, predstavlja njegov pomemben segment uvajanje in preverjanje novih metod dela, izgrajevanje podatkovnih zbirk in dokumentacijskih sistemov, prav tako pa tudi pridobivanje novih spoznanj o poselitvenih strukturah, družbenih procesih, gospodarstvu in načinu življenja ljudi, ki so od prazgodovine do zgodnjega srednjega veka bivali na območju jugovzhodnih Alp. V program so vključeni naslednji sklopi:

1. Paleolitske raziskave: zaključna faza projekta Divje babe I; multidisciplinarna raziskava, analiza in objava novega mezolitskega najdišča Viktorjev spodmol.
2. Neolitik in eneolitik: vzorčenje lesa s kolišč na Ljubljanskem barju; sondiranje in obdelava drobnega gradiva s kolišč.
3. Bronasta in starejša železna doba: izvrednotenje gradiva in podatkov s sondiranj višinskih naselij na Dolenjskem.
4. Mlajša železna doba: zbiranje in interpretacija arheoloških virov za zgodovino latenske dobe in nadregionalne študije o nekeramičnih najdbah latenske in rimske dobe.
5. Rimska doba: topografija in dopolnjevanje podatkovne zbirke arheoloških najdišč Ptuja; obrtniška četrt v Rabelčji vasi; romanizacija zahodne in osrednje Slovenije; arheološke raziskave visokogorja v Kamniških Alpah.
6. Pozna antika: poznoantična poselitvena struktura; zgodnjekrščanska arhitektura; barbarski drobci v sklopu romaniziranega substrata v vzhodnoalpskem prostoru; raziskave in obdelava gradiva s poznoantičnega najdišča Tonovcov grad.
7. Zgodnjesrednjeveško obdobje: tipokronologija grobiščnega gradiva, tipokronologija naselbinskega gradiva in raziskave naselbinskih struktur.
8. Epigrafika in antična zgodovina: zgodovinsko-filološki komentar in izvrednotenje Strabonove Geografije; nadaljnje raziskave rimskih napisov Slovenije; zgodovina Celeje v luči epigrafskih spomenikov.
9. Paleoekološke raziskave: študij razvoja paleookolja v Sloveniji in sosedstvu v poznem kvartarju - multudisciplinarne raziskave bodo osredotočene še zlasti na področje Ljubljanskega barja, Bele krajine in Blejskega kota.

Svoje raziskave bomo gradili na podatkih, ki so jih prinesla arheološka izkopavanja naselbin, grobišč, topografski pregledi, revizija arheološkega gradiva v muzejskih depojih in arhivsko zbiranje stare arheološke dokumentacije. Uporabili bomo standardne metode slikovnega in pisnega dokumentiranja, ki jih bomo, kjer bo mogoče, nadgradili s postopkom informatizacije do oblike klasificiranega digitalnega zapisa, ki omogoča računalniško podprto manipulacijo podatkov in njihovo analizo. Posamezne artefaktne strukture bomo preučevali na ravni predmeta, najdiščnega skupka, najdišča, mikroregije in širšega geografskega prostora. Raziskovali bomo dejavnike časa, prostora, človekove dejavnosti in izločili filter, ki ga predstavljajo procesi propadanja. Arheološko analizo bomo dopolnjevali z raziskavami paleookolja, jih korelirali z arheološkimi sedimenti ter ugotavljali vpliv okolja na človekovo dejavnost - vpliv človeka na okolje. Pri tem bodo izvedene ustrezne antropološke, osteozoološke, palinološke, karpološke, sedimentološke, fizikalne in kemične analize. Za izvajanje raziskovalnega programa skrbi ustrezna infrastrukturna skupina (Naravna in kulturna dediščina), saj brez terenskih raziskav, laboratorijev in podatkovnih zbirk ni mogoče izpeljati začrtanega raziskovalnega programa. Delo infrastrukturne skupine bo obsegalo arheološke dokumentacijske sisteme (zbirke ARKAS, ZBIVA, LIBERA, stvarni katalog arheološke literature, zbirko pisne dokumentacije, zbirko slikovne dokumentacije, predmetno zbirko, epigrafsko zbirko), terenske raziskave (mobilni dokumentacijski centri, laboratoriji) in prospekcijske posnetke (geofizikalne prospekcije, paleoenvironmentalne prospekcije).