Avtologna PKMC preprosto povedano pomeni, da bolnik daruje krvotvorne matične celice sam sebi. Osnova je biološko dejstvo, da se vse krvne celice razvijejo iz ene same matične celice, ki jo danes znamo določiti in poiskati ter jo nato tudi nekako selekcionirati iz bolnikovega telesa (krvi). Včasih smo tako uspeli zbrati krvotvorne matične celice samo neposredno iz kostnega mozga pri bolniku. Zato je bilo takrat pomembno, da je bil kostni mozeg »čist«, kar z drugimi besedami pomeni, da v njemu ni smelo biti prisotnih infiltratov levkemičnih/limfomskih oziroma bolezenskih celic. Danes praviloma zberemo krvotvorne matične celice, potrebne za avtologno PKMC iz periferne krvi, s postopkom, ki mu pravimo citofereza. Postopek poteka tako, da bolnik dobi visok odmerek kemoterapije (praviloma gre za visok odmerek citostatika ciklofosfamida) v kombinaciji z rastnimi faktorji za celice granulocitne vrste (G-CSF). Približno 10 dni po prejemu citostatika v periferni krvi sunkovito/naenkrat poraste število krvotvornih matičnih celic, ki jih spoznamo tako, da dnevno določamo za njih značilen celični označevalec (CD34+). Ko se to zgodi, bolnika napotimo na Zavod za transfuzijo krvi. Tam s postopkom, ki je podoben dializi pri ledvičnih bolnikih (že omenjena citofereza), sprva osamijo in nato zberejo krvotvorne matične celice. Te nato shranijo v tekočem dušiku pri zelo nizki temperaturi. Celice so na takšen način lahko shranjene na Zavodu za transfuzijo krvi praktično brez časovne omejitve. Kot je bilo že omenjeno, je največja prednost zbiranja krvotvornih matičnih celic iz periferne krvi prav ta, da ni nujno, da je kostni mozeg povsem čist levkemičnih/limfomskih oziroma tumorskih celic. V nadaljevanju zdravljenja, praviloma v roku meseca ali dveh sledi avtologna PKMC. To pomeni, da bolnik dobi izjemno visoke odmerke citostatikov, ki jih izberemo glede na vrsto krvne bolezni, s katerimi naj bi uničili vse preostale levkemične/limfomske oziroma tumorske celice. To velikokrat v praksi sicer ni mogoče. Bolnika lahko na PKMC pripravimo tudi s kombinacijo citostatikov (praviloma ciklofosfamid) in obsevanjem celotnega telesa. Slednji način priprave na PKMC pogosto uporabimo prav pri bolnikih z ne-Hodgkinovimi limfomi (NHL), saj so limfomske celice zelo občutljive na ionizirajoče sevanje. Naslednji dan po tem, ko bolnik že dobi citostatsko terapijo oz. ko konča z obsevanjem celotnega telesa, vrnemo v obliki transfuzije krvi zbrane krvotvorne matične celice in te nato same potom krvnega obtoka najdejo pot do kostnega mozga, kjer edino imajo primerno okolje za svojo proliferacijo. V časovnem obdobju 10 do 14 dni se v mikro-okolju kostnega mozga matične celice začno deliti/dozorevati ter ponovno vzpostavijo normalno delovanje vseh za življenje potrebnih krvnih celičnih vrst (eritrociti, levkociti, trombociti).