Vakuumska impregnacija je neločljivo povezana z vakuumskim sušenjem kot predhodno fazo. Impregnacija okostja mamuta je potekala v komori okoli 2 600 l. Kot impregnant je bil uporabljen specialni vosek Mobilwax 2360 (tališče 79,8 ˚C). Vakuumska naprava je bila konstruirana in izdelana na Institutu »Jožef Stefan« ter postavljena v kletne prostore muzeja 25. 11. 1996. Delo je trajalo nekaj let. Originalno impregnirano okostje mamuta je sedaj spravljeno v muzejskih depojih, naprava pa sameva uskladiščena. Povečanje mase kosti je bilo po impregnaciji v povprečju 20-odstotno, pri upoštevanju odstranjene vlage pri sušenju (do 10 % mase kosti) je masa voska v kosteh toliko večja. Vakuumska impregnacija bo zaščitila okostje mamuta pred propadanjem za neomejen čas, zagotovo pa za več desetletij.